Facturación notas de crédito fuera de los 30 días

Tomando en cuenta de según el Reglamento 293-11, art.8. las notas de crédito fuera de las 30 días se deben facturar sin incluir itbis, en el caso de que mi sistema solo me permita emitir una nota de crédito bajo la misma condición en que se emitió la factura que afecta, es decir que si un articulo se facturó gravado, la nota de crédito físicamente sale con el itbis (a nivel contable se hace un asiento anulando ese itbis y así no compensarnos lo que no corresponde), en fin en la factura física se refleja el itbis, pero a nivel contable no, puede esto traer futuras inconsistencias, a pesar de que en mi contabilidad y según lo que reportamos a la DGII las notas de crédito fuera de los 30 estén sin incluir itbis?